Если ехать в Хиву, купить билет не из Бухары, а на пару станций раньше, но сесть в итоге в Бухаре - пустят в поезд?

Ну по идеи должны, потому что у поезда есть маршрут по которому он едет и если этот город есть в его маршруте.. логически должны, на практике - не знаю... позвоните лучше

В России так делали, скорее всего, в Узбекистане тоже можно. Вы же место оплатите, никто его не займёт.