Подскажите пожалуйста, насколько неприятная поездка на ночном поезде из Самарканда в Хиву? И есть ли какая-то альтернатива поезду?

неприятна она может быть Вашим соседям, в случае, если Вы неприятный человек…

В остальном ничем не отличается от ночной поездки СПб-Москва.

Альтернатива - яндекс-такси