Я гражданин РФ уже 90 дней в Армении. собираюсь обратно в МСК. нужно ли мне делать регистрацию?

Вообще поидее армянским пограничникам должно быть без разницы на регистрацию, но можете попробовать выехать по внутреннему паспорту РФ, чтобы пограничники не смогли посмотреть по штампам сколько дней вы находились в Армении

До 180 дней без штрафа можете находится здесь.

Делать ли регистрацию в Москве вы имеете в виду?

Если вы гражданин РФ и находились в Армении 90 дней, вы не нарушили никакие сроки, можете спокойно вылететь.

Вам не нужно ничего оформлять и вы не выплатите штраф.

Де-юре гражданам РФ для пребывания более 30 дней нужна регистрация в РА по месту жительства. Де-факто до 180 дней не нужна, совершенно никому до неё нет дела. Спокойно выедете, никакой регистрации не потребуется.