Подаюсь на визу во Францию. Если на границе спросят как вы собираетесь возвращаться и ответить что через литву, пропустят ли?

Главное чтоб были билеты. Вот они то уже ваш маршрутный лист не видят, который вы в консульство подавали

Пропустят. Подача на визу и пограничный контроль Шенгена разные вещи. На границе Вас могут попросить показать обратный авиабилет, брони отелей на весь период в Шенгене, страховку, точный маршрут, финансовые гарантии: наличные евро или карта иностранного банка (не РФ).