Подскажите, купив в Японии проездной на региональные поезда, надо как-то бронировать места на конкретный поезд или просто с проездным прихожу на любой поезд и в вагоне без резервированных мест еду?

Для них нет. Только для резервирования места.

Есть вагоны без мест, на некоторых прям требуют. Необходимо в каждом конкретном случае. Спрашивайте на станции. Бронь места через автомат или кассу бесплатна