Подскажите , пожалуйста, если подаюсь на мульти визу в Японию, но первая поездка будет 29 дней, где ставить отметку или где написать, что мне нужна мульти?

нигде.

намерение о мульти подается в виде мотивационного письма

Отдельная форма есть на сайте посольства

С сайта посольства:

В визовой анкете, в графе «Intended lenght of stay in Japan» укажите количество дней первой поездки и затем слово «Multiple»