У меня виза в Испанию на полгода, но максимальное время пребывания в Испании 90 дней. Я могу пробыть там 90 дней, выехать на день в Португалию, например, и вернуться обратно ещё на 90 дней?

Нет. У вас 90 дней не в Испании а в странах Шенгена

Немного не так.

У вас стоит 90 в каждые 180 дней или просто 90 и все?

Думаю, что 90 /180, потому как это такой стандартный срок.

В тырнете найдите калькулятор для подсчета.. там подсчет несколько непрямой.

Это считается по пребыванию в любой стране шенгена

Мало того, когда будете подаваться на новую визу-вам посчитают эти дни по старой визе и , если ваша заявка будет на такое количество дней поездки, что получится превышение, то визу не дадут.