Можно ли пересечь границу РФ в РК по внутреннему российскому паспорту, а границу РК уже по заграну РФ?

Если вы имеете в виду пересечь российский пункт пропуска по внутреннему паспорту, а с казахстанский по загранпаспорту, то скорее всего нет. В РК при проверке документов увидят, что нет отметок о выезде из РФ в загранпаспорте.

Можно

Можно, это ваше право