В 17 лет я смогу сам оплатить билет и забронировать отель в Японии, не будет ли проблем на ресепшене?

Отель нас предупредил, (но это после моего прицельного вопроса) что нужно будет письменное согласие родителей, но по факту его не спросили.

Как минимум, нужно согласие родителей на выезд, а оплачивать вы и билет, и отель можете сами. Остальное лучше уточнить в Посольстве