Я получаю визу D для учебы в Германии. Можно ли проехать с этой визой через Латвию?

Латвия - ЕС, спокойно проехать должны без каких либо вопросов со стороны таможенников в добавок , Латвия не закрывала границы для РФ, а значит и сама Латвия так же выдает визы россиянам, поэтому езжайте смело

Нельзя.

Нет, вы получаете национальную визу Германии, это другое, чем шенген.