Подскажите,пожалуйста, можно ли будет прямо из аэропорта Токио уехать в Ниигату? Или каким сайтом можно пользоваться, чтобы определить междугородние маршруты ?

Нет, потому что аэропорт не в Токио, а чуть ли не в соседней префектуре. Сначала в Токио, а потому уже куда хотите.

Из нариты можно взять сразу 2 билета: на экспресс до Токио и на синкансен до Ниигаты. Там в кассе сразу смотрят удобное время, чтобы вы успели и не нужно было долго ждать