Прилетели 1 июня с ребенком, зарегистрировались до 1 июля. У ребенка ( 11 лет) билет самолетом 2 июля.

Регистрация для всех возрастов бесплатна. Дети не платят туристический налог и никакого отношения к регистрации он не имеет(косвенно только). Турналог пограничникам пофиг. У ребёнка будет просрочен визовый режим.

Надо везти на визаран и регистрировать заново.

Естественно безопаснее отвезти на визаран. Вы же не хотите чтобы ему трепали нервы в аэропорту. Вероятно что на один день могут закрыть глаза, но могут и не закрыть. Зачем Вам проблемы. Отвезите на визаран.