А как быть с тем, что отель для подачи на визу в Японию должен быть оплачен? Российские карты ведь не работают. Или это как-то по-другому работает?

Бронируйте с бесплатной отменой, оплачиваете, получаете визу, отменяете

Островок. Потом, если хочется, другой отель, можно отменить. Или если есть карта, то букинг с оплатой