Подскажите, пожалуйста, нужно ли регистрировать детей в Кыргызстане, им 11 и 13 лет

Надо, независимо от возраста.

Если не ошибаюсь, то до 14 лет можно не брать с собой, но лучше в цон позвонить и сверить информацию