Если просрочен внж и заплатили штраф. Из Кыргызстана обязательно выезжать на 3 месяца?

ВНЖ не может быть просрочен. Он может просто закончиться - вы вообще не обязаны его продлевать.

Вы про регистрацию может? - если нет основания для регистрации, тогда выезжать нужно.

Все действия нужно было делать когда она была активна..