У меня такой вопрос. Если брать автобус из Москвы в Берлинс пересадкой в Риге 5 часов, то как будет проходить пересадка?

Скорее всего, через автобусный вокзал. Должно быть в билетах указано. Но, вообще, если у вас виза С, то транзитом могут не пропустить (как туриста)

Пересадка на автобусном вкз. в Риге. В случае опоздания, второй автобус Вас либо дождётся, либо Вас перебронируют на более поздний рейс.

Насчёт документов Вам очень правильно написали, уточните, есть ли у Вас право на въезд в Латвию, через прямую границу.