Подскажите, если есть шенгенская виза, не нужно оформлять никакого дополнительного разрешения на поезд Москва Калининград?

Шенгенская виза не нужна, нужен загран паспорт и оформить проездную визу через Литву, при покупке билета надо поставить галочку что вам нужна виза на проезд по территории Литвы, заполняется анкета либо на сайте или не посредственность проводник даст заполнить в вагоне

При наличии шенгена упд жд не нужен.

Здравствуйте. Если есть шенген, ничего дополнительно оформлять не надо.