Если россияне въедут в Испанию по испанской визе, то могут ли они потом на законных основаниях прилететь из условно Малаги в Прагу? Не завернут ли их там на посадке?

Могут

это легальный маршрут

В апреле прилетали в Прагу из Мадрида. С туристической испанской визой. Вопросов не было. Летели испанской Иберией.

Род летели так:

Москва - Милан, Милан - Майорка, Майорка - Прага, Прага - Москва