Подскажите пожалуйста, где лучше отдыхать в Каракол или Чолпон Ата? И возможно доехать на автобусе? Хотелось бы увидеть каньоны, озеро Иссык-куль, может горы, что ближе, от какого города?

отдыхать на озере лучше в Чолпон-Ате

Если ищете активный отдых, то удобнее Каракол. Там больше локаций, и они разнообразнее. (Барскоон, Джети-Огуз, Каракольское ущелье) Автобусы ездят. Можно с автовокзала, но удобнее воспользоваться GoBus