Планирую в июне увезти детей( РФ) к бабушке на лето в Казахстан до сентября. Но были уже в Казахстане с 7 декабря по 21 января.

Заезд и выезд на территорию КЗ и РФ 90 дней с момента заезда, то есть, вы можете находиться этот срок без проблем, не важно заехали вы ранее или нет, как только пересекли границы туда или обратно, 90 дней пошли сначала

В вашем случае можно спокойно заезжать летом на 90 дней, так как с момента последнего выезда прошло более 90 дней