Если через Яндекс пей (только что обнаружила у себя виртуальную цифровую карту) то на нее кидаю с любого российского банка, оттуда на корону и с короны на киргизский банк?

Правильно, только не «оттуда на Корону», а вытягивать Короной с карты Яндекса.

А в кыргызский банк из приложения Короны отправляйте по номеру телефона. Так не будет комиссий по всей цепочке.

Не совсем так. Когда перечисляете рубли с Яндекс пэй, указывайте перевод "по номеру телефона", потом номер, привязанный к карте кг банка, а вот после вам предложат указать номер вашей Яндекс пэй карты. Вы не перечисляете на ЗК, это ЗК оттягивает деньги с одной карты (Яндекс пэй) на другую (кг банк). Как платёжный сервис-кошелек. Карты у ЗК есть, но они крайне не выгодны и эмитируются МФО с разными некошерными условиями, комиссиями, процентами и тп.