Подскажите, на сайте посольства для подачи на визу в Японию указано что из документов, необходима справка с места работы о доходах? То бишь 2ндфл, а за какой период?

Нет, не 2НДФЛ, а как указано на сайте - справка, где будет написан ваш доход, ФИО, должность, компания и тд

на том же сайте написано, что 2-ндфл не подходит

Эйчары должны знать, что это за справка и как ее выдавать. Вам нужен будет оригинал с мокрой печатью, копию могут не принять

Это просто справка подтверждающая, что Вы работаете в данной компании, с указанием среднемесячного дохода и должности. Любой сотрудник отдела кадров это знает.