Подскажите пожалуйста приобрел машину в Казахстане у гражданина России. Автомобиль имеет российские номера.

у вас какое гражданство?

Я бы сделал доверенность от продавца на вас с правом пересечения границы (ввозом - вывозом тс из и в РФ). Договор не является документом для международного дорожного движения.

Пересечь границу на основании договора купли продажи автомобиля + СТС+ ПТС вы можете. Если ПТС бумажный и есть свободное место, впишите себя как собственника и внизу бывший собственник подпишется. Только на территории России на основании договора купли продажи вы имеете право ездить только 10 дней от даты купли продажи. Эти 10 дней даются на переоформление машины на себя. Если вас остановят, то штраф будет и возможно штрафстоянка.