Подскажите, какие варианты прогулок по Босфору есть из пристани Ускюдар? Или надо сначала доплыть до Эминеню?

Да.

Вариант 3 - от Ускудара идёт паром по бухте Золотой Рог. В пути час, можно совместить с посещением района Балат и Фенер или доплыть до конечной и подняться на Пьер Лотти (самое красочное на закате)