Подскажите пожалуйста , карта visa Бакай банка работает на оплату в интернет магазинах с валютой в евро?

Да.

Зависит от магазина. Где-то стопарится , где-то ОК.

Оплачиваю, но только с долларами работает.

Не только в евро. Как я понимаю, то и в шекелях, драхмах, песо и прочих. Но с конвертацией.