А на какую симкарту предпочтительно открывать счет местную Кыргызстана или РФ? По Российской симке будет работать 3ds и подтверждение операций в приложении? И что не будет доступно с Российской симкой?

Лучше на российскую, если не хотите ездить туда каждый раз. Некоторые банки (демир, бакай) поддерживаеют и коды на е-мейл, то есть можно обойтись без телефона. Некоторые (kicb, к примеру) требуют исключительно местную симку.

С российской симкой не сможете выпустить виртуальную карту VISA Бакай банка.