Внутренний паспорт Рф. Могу ли из России сделать перелет в Бишкек, от туда Алматы. Затем обратно ? Не будет ли у меня проблем с таможней?

Насколько мне известно, то можно летать по внутреннему паспорту только из РФ в КЗ или в КГ, при этом из КГ в КЗ можно только по заграну. Лучше уточните информацию в аэропорту или у АК. Например сайт s7 airlines пишет так: Использовать внутренний российский паспорт или свидетельство о рождении можно, только если вы летите в Казахстан из России. Если летите из другой страны, необходимо иметь заграничный паспорт.

Для перелета из Кыргызстана в РК скорее всего потребуется загран, но на автобусе/авто сможете пересечь границу по внутреннему.

С таможней по этому вопросу точно не будет проблем, таможню не интересуют паспорта и миграционные карты.