При подаче на ВНЖ в Казахстане офицер миграционки сказал, что я не могу 45 дней выезжать и РК… Это как-то обосновано? Проверяется как-то? Если выехать например по внутреннему паспорту РФ..

вам надо находится этот срок в РК, потому что могут в этот срок позвонить и вызвать на собес или что-то уточнить/донести по документам. И если вас не застанут, то могут аннулировать заявку. Так как не очень то оно вам и нужно, если вас нет на месте.