Подписываем договор аренды квартиры в Испании, через риэлтора , владелец квартиры в другом городе , агент сообщил, что договор будет подписан со стороны арендодателя электронной подписью.

Нормальная практика. Существуют разные инструменты для дистанционной подписи документов - от обычной автофирмы с цифровым сертификатом (равнозначно живой физической подписи), так и сторонние решения от агентств, когда оператор-поставщик решения выступает посредником, каждый расписывается на своём электронном устройстве перейдя по ссылке и ознакомившись с черновиком договора, после подписи всех каждая сторона на личный email получает свою копию договора. В аюнтамьенто/консульстве никаких проблем с подобными документами ("без мокрых" подписей/печатей) не возникает.

Нормально, у нас был такой личный опыт. Подписывали простой автофирмой.