Человек работает на РФ, но не платит там НДФЛ, поскольку является резидентом Эквадора.

Во-первых, надо зарегистрировать RUC в качестве частного предпринимателя. Затем надо будет подать декларации за текущий год и уплатить ежегодный налог Impuesto a la renta. И у вас будут бумаги о том, что вы зарегистрированы в качестве налогоплательщика и уплатили налоги в Эквадоре.