Я правильно понимаю, что и в сб, и в вс работают только дежурные аптеки? Или это только воскресенья касается.

В воскресенье дежурные, в субботу работают все.

Аптеки не работают по воскресеньям и государственным праздникам. Есть дежурные ночные в каждом районе несколько штук.