Подскажите, если при ВНЖ Черногории по недвижимости отсутствовать более 90 дней, то на следующий год можно подаваться заново (не продлевать)?

Продлевайтесь. Скорее всего не заметят(или сделают вид). Потом при попытке на ПMЖ может и «вылезет» ПС. Основание для прив. бор не исчезло(недв) и нет смысла Вам его прерывать.