Из Италии в Прагу на самолёте можно долететь с шенгенской визой? Говорят, что только наземным транспортом есть возможность.

Можно.

Можно, если вы из шенгенской зоны летите в Прагу, там нет по прилёте паспортного контроля в принципе. По крайней мере я из Парижа летал, там прилёт в терминал шенгенской зоны, где даже штамп не ставят, что вы посетили Прагу.