Подскажите, пожалуйста, есть ли прямой поезд с киото до аэропорта Нарита?

Прямой вряд ли.

Нет. Едете до Токио, оттуда в аэропорт.

Конечно нет, от Киото до Токио ходит синкансен, до Нариты он не ходит. От Токио до аэропорта либо Скайлайнер, либо обычная электричка.

От Киото до Нариты прямо только внутренние самолеты летают.