Внесла наличные на карточку через автомат TBC, к которой привязан ИП в Грузии. Считаются ли внесенные средства поступлением, за которое стоит платить налог на прибыль?)

Налоги по бизнесу Вы платите по своим доходам по бизнесу, которые сами декларируете. Но банк и налоговая может задать вопрос по любой транзакции, в Вашем случае - это пополнение счета личными сбережениями.