Подскажите, у жены русский паспорт на другую фамилию (до замужества), а эстонский на фамилию мужа. Пропустят в Россию на границе, если разные ФИО в паспортах? Или русская сторона не посмотрит на эстонский паспорт?

Если в паспорте РФ нет действующей визы, то попросят предъявить документ-основание для нахождения в ЕС.

Можно в течение 6 месяцев после смены фамилии, потом нужно менять документы. Российская смотрит эстонские документы.