Подскажите, имею двойное гражданство-РФ и Кыргызстана. нахожусь в РФ. Могу ли я выехать из РФ в Кыргызстан по Кыргызскому паспорту?

Я не очень знаю теорию, но судя по логике вам нужно соблюдать правило - по какому паспорту въехал, по такому и выехал.

Если вы находитесь в РФ и погран служба ничего не знает о парспорте Кыргызстана, то как минимум к вам будут вопросики.