Подскажите, если я еду из Грузии в Ереван с домашним животным, а через 2-3 недели поеду в ЕС, где мне нужно сделать сертификат в Грузии или Ереване ?

Да есть.

@xucux: Хорошо. Справку делаете в Ереване, потому что в Армении вы будете 2 недели, то есть выезжаете из нее, а не из Грузии. Две недели никак не могут считаться транзитом Грузия — ЕС))