Подскажите пожалуйста, Собираемся репатриироваться в Израиль, родство по линии нынешней супруги, но от бывшей есть несовершеннолетний ребенок. Будет ли это помехой?

Не будет.

Для вашего гражданства - нет, а вот для гражданства ребенка - да. Если правильно помню, он будет в том же статусе, что и дети-четверки. Гуманитарная виза, без права на репатриацию, но с перспективой получения гражданства после трех лет жизни в стране вместе с вами (всей семьей). Это если ребенок едет вместе с вами. Если не едет - никаких вопросов.

Особое внимание на выезды ребенка из страны после получения им визы Алеф 5 чем меньше тем лучше, в идиале не более месяца в году.