Подскажите пожалуйста, если в паспортах есть штамп о прохождении границы Грузии, пустят ли в Абхазию?

Конечно пустят. Никаких проблем. Это на грузинской границе не надо афишировать, что были в Абхазии.

Зачем предъявлять загранпаспорт, если вы свободно проходите по внутреннему, где никакие пометки не ставятся.