Подскажите пожалуйста, знаю, что с турвизой страны ЕС можно будет добраться в Прагу самолетом. Играет ли тут роль различия между мультивизой и однократным въездом?

Если будет въезд в страну, которая дала визу, то можно с любой.

"Однократность" распространяется на момент въезда в сам Шенген. Он может быть только один. Соответственно, и выезд из Шенгена только один. Внутри же возможны любые перемещения.