Подскажите, а согласия с апостилем от второго родителя на детей, нужно будет переводить на иврит для МВД?

Зависит от того, понимают ли русский в конкретном отделении МВД. В любом случае, перевод уже лучше делать в Израиле, заверенный у местного нотариуса.