А с биометрическим паспортом РФ можно получить билетик этот (визу в Израиль пропускную) без пограничников а в автомате каком то?

С любым. Автомат умеет читать. Но это не означает что вы обязательно его получите - иногда ему что-то в вашей роже не нравится и вы идете на ручное оформление.

Я когда репатриировался то получал по РФ паспорту в автомате.

Это только так и работает через автомат с любыми паспортами, небио паспорт может глючить в автомате.