У меня 3х годичная итальянская виза шенген. Но в италии я не была по данной визе. Была только в эстонии и на кипре.

Нет, может быть штамп любой страны Шенгена. Теоретически вы могли из Эстонии полететь в Италию и штампа естественно вам бы там никто не поставил))) Главное условие для мультивизы, она должна быть погашена страной Шенгена.