Я являюсь гражданином РФ, но с двойным гражданством Эстонии и хочу съездить в отпуск с женой и сыном в Эстонию, они граждане РФ, подскажите как получить визу?

Если вы не живëте в Эстонии, родственникам в визе могут отказать.

Вы можете подать на гражданство ребенку. И у него так же как и у вас будет двойное. С визой для жены проблема. Как повезет.