Подскажите, я гражданка ЕС, мой супруг гражданин РФ. Супруг владеет недвижимостью в Эстонии и мы хотим переодически туда приезжать. Может ли в этом случае он получить визу как член семьи ЕС?

Может. Но только не визу вашей страны. И лучше не пробовать получить эстонскую. Скорее всего откажут

А так да, по Директиве, как член семьи гражданина ЕС в упращенном порядке и бес консульского сбора.