Кто имел опыт уплаты в налоговую РФ дополнительных 17% НДФЛ от доходов полученных от рос компаний за год, когда не являлся налоговым резидентом РФ? Как это делается?

Речь о доходах по трудовому договору?

Делается через подачу 3-НДФЛ с указанием того что вы нерезидент. Налоги автоматически пересчитаются и ФНС выставит вам счёт за доначисление 17%. 3-ндфл лучше подавать когда все налоговые агенты сгрузят инфу в ФНС: работодатели, банки, брокеры…Крайний срок подачи в апреле.