Подскажите, пожалуйста, если у меня в Стамбуле однодневная пересадка, и на этот момент срок действия загранпаспорта составляет 100, а не 120 дней, могут ли возникнуть проблемы?

Точнее так. С хорошей вероятностью проблемы будут. Есть случаи, когда в город выпускали с паспортом, которому осталось меньше 4 месяцев. Но вероятность небольшая. Если нужен только транзит из зоны прилёта в зону вылета без получения багажа, то проблем не будет. Там просто билет сканируется.