Подскажите пожалуйста какую дату ставить в карте для Малайзии прибытие если прилет в 23.50, дату прилета или дату выхода с самолета?

Дату паспортного контроля, т. е. следующий день. Но это не так важно, я прилетел на день позднее и проходил без проблем.

Ту что в документе, хотя скорее всего вам штамп поставят уже следущим днём, но не сильно критично.