Могут ли быть проблемы при подаче на визу Японии из-за плана, если обратный вылет у меня из Осаки, но ночь перед вылетом я буду в Токио и собираюсь на первом же шинкансене выехать в Осаку, ну и оттуда уже в аэропорт.

Неа, у меня похожая ситуация, только самолет из Токио в 11 Визу спокойно дали.

Только в плане напишите, что шинкансен в 6 утра!

Проблем не будет, главное чтоб у вас по мнению посольтсва было достаточно денег на прописанный вами план маршрут.